Yunan ordusunun İzmir’i işgali (15 Mayıs 1919) ve “megalo idea” çılgınlıklarıyla civardaki kaza ve köylerde müslüman Türk halkını katliama başlaması memkelette büyük bir infial uyandırdı. Yunan işgaline karşı Batı Anadolu’nun çeşitli yerlerinde silâhlı direniş hareketleri başladı.
Yunanlılar’ın İzmir’e çıktıklarının ertesi günü ( 16 MAYIS 1919 ) Balıkesir’de Alaca Mescid’de kalabalık bir halk kitlesinin katıldığı toplantıda Yunan işgalini tanımama kararı alındı. Ayrıca kırk kişilik bir heyet seçilerek Balıkesir Redd-i İlhak Cemiyeti kuruldu. İstanbul hükümetinin içine düştüğü aczi açıkça dile getiren bu heyet çeşitli toplantılarında önemli kararlar aldı. Bu sırada 61. Fırka kumandanı olarak Balıkesir’e gelen Miralay Kâzım Bey’in de (Özalp) gayretleriyle, Kuvâ-yi Milliye ile küçük birliklerden oluşan Ayvalık (29 Mayıs), Soma (9 Haziran) ve Akhisar (23 Haziran) cepheleri kuruldu. Bu cepheler daha sonra birleşerek “Şimal cephesi” adını aldı. Aynı şekilde Aydın (12 Haziran) ve Salihli (22 Haziran) cepheleri de kuruldu. Miralay Kâzım Bey, emrindeki kuvvetlerle Bergama’yı işgal etmiş olan Yunan kuvvetlerini hezimete uğrattı. Bunu Balıkesir Redd-i İlhak Cemiyeti’nin gönüllü asker toplama kararı alması (24/25 Haziran) takip etti. Buna göre Giresun’da (Savaştepe) 400 askerli dört bölük kurulacaktı. Gönüllüler Savaştepe’ye bizzat müracaat ederek isimlerini yazdıracaklardı. Balıkesir eski mutasarrıfı Hacim Muhiddin Bey (Çarıklı), Vâsıf Bey (Çınar), Hulûsi Bey (Darplı), Vehbi Bey (Bolak), Mehmed Bey (Uncu), Şevki Bey (Basri Bey oğullarından) gibi vatanperver liderlerin teşebbüsleriyle kurulan cemiyetin attığı ikinci önemli adım, düşmanla daha iyi mücadele etmek amacıyla Batı Anadolu’nun çeşitli yerlerinde oluşturulan cepheleri tek merkezde yönetecek bir teşkilât kurmak için bir kongre toplamak oldu.
Balıkesir Dârünnâfia Medresesi’nde Ayvalık, Soma, Akhisar bölgelerinden gelen Kuvâ-yi Milliye temsilcilerinin de katılmasıyla 28 Haziran 1919’da toplanan I. Balıkesir Harekât-ı Milliye Kongresi 13 Temmuz’a kadar devam etti. Kongrede bir merkez kurulunun oluşturulması, Kuvâ-yi Milliye’yi desteklemek için maddî kaynakların tesbiti, yeni Redd-i İlhak Cemiyeti’nin kurulması ve cephelerin hızla takviye edilmesi kararlaştırıldı. Hacim Muhiddin Bey kongre tarafından merkez kurul başkanlığına getirildi. Böylece Balıkesir’de güçlü bir mukavemet merkezi oluşturuldu. Mondros Mütarekesi gereğince terhis edilen askerî birliklerin pek çoğunun kumandanı Balıkesir’e gelerek bu merkezî teşkilât içinde vazife alma imkânı buldu.
Erzurum Kongresi’nin açılışından iki gün sonra toplanan ve Asıl Balıkesir Harekât-ı Milliye Kongresi diye anılan II. Balıkesir Kongresi 26-30 Temmuz tarihleri arasında toplandı. Bu kongreye ilk defa üniformalı subaylar da katıldı. Hacim Muhiddin Bey başkanlığında toplanan kongre, il sınırlarının ötesinde geniş bir bölge kongresi niteliğinde idi. Balıkesir Mekteb-i Sultânîsi’nde toplanan ve kırk sekiz delegenin katıldığı kongrede “redd-i ilhak” tabirinin Harekât-ı Milliye Redd-i İlhak Heyeti şekline dönüştürülmesi, işgal altındaki İzmir’e mahsul gönderilmesinin yasaklanması, Yunanlılar’la kati surette görüşme teşebbüsünde bulunulmaması, Yunanlılar memleketten çıkarılıncaya kadar savaşın sürdürülmesi, vatanî göreve çağrılıp da gelmeyenlerle cepheden kaçanların ailelerine dokunulmaması, ancak kendilerinin ülke dışına, mümkün olursa Yunan tarafına gönderilmesi, kongrenin gayesi ve tesbit edilen bu hususların İstanbul hükümetine ve padişaha bildirilmesi gibi önemli kararlar alındı. Bu kararlar bir bildiri ile İtilâf devletlerinin İstanbul’daki temsilcilerine ulaştırıldı. Kongre üyeleri padişaha da bir telgraf çekerek kongre amaçlarını ve kendisine olan bağlılıklarını dile getirdiler. Fakat İtilâf devletleri Balıkesir’deki gelişmelerden rahatsız oldular ve Osmanlı yönetimine karşı baskılarını arttırdılar. Hükümet, Balıkesir mutasarrıfı Hilmi Bey’den kongrenin derhal dağıtılması ve delegelerin tutuklanmasını istedi. Dahiliye Nâzırı Âdil imzasıyla 9 Ağustos’ta gönderilen emirnâmede, “Yunanlılar’ın geçici olarak işgal ettikleri bölgeler dışında bulunan çetelerin derhal dağıtılması, halkın bu çetelere katılmasına engel olunması, Teşkîlât-ı Milliye adı altında toplanan güçlerin zaman geçirilmeksizin dağıtılması” isteniyor, aykırı hareket edenlerin memleketin zararına çalıştıkları kabul edilerek haklarında kanunî muamelede bulunulacağı hatırlatılıyordu. Ancak Mutasarrıf Hilmi Bey bu emre uymadığı için bir süre sonra görevden alındı.
Kuvâ-yi Milliye çalışmalarını daha geniş bir alana yaymak ve mahallî direniş kuvvetleri arasında daha güçlü bir koordinasyon sağlamak amacıyla Alaşehir’de de bir kongre toplandı (16-25 Ağustos). Hacim Muhiddin Bey’in başkanlık ettiği bu kongrede II. Balıkesir Kongresi kararları aynen kabul edildi. Ayrıca Karesi ve Saruhan Livâları Hey’et-i Merkeziyyesi adı altında yeni bir teşkilât kurularak harekâtın bu organ kanalıyla yürütülmesi kararlaştırıldı.
Sivas Kongresi (4-11 Eylül 1919) Anadolu ve Rumeli’de kurulmuş olan bütün cemiyetleri birleştirme kararı almıştı. Balıkesir’de üçüncü bir kongrenin hazırlıklarının yapıldığı sırada Mustafa Kemal Paşa 13 Eylül’de Balıkesir Kongresi’ne bir telgraf çekerek Sivas Kongresi kararlarını bildirdi. Anadolu’da toplanmasını düşündüğü umumi meclise üye gönderilmesini istedi. 16 Eylül 1919’da yine Hacim Muhiddin Bey’in başkanlığında toplanan III. Balıkesir Kongresi Sivas Kongresi’nde alınan kararları onaylayarak umumi Anadolu kongresinin toplanması için hazırlıkları yürütme kararı aldı ve kongreye katılacak yedi temsilciyi seçti. Ancak Damad Ferid hükümetinin düşmesi ve Osmanlı Mebusan Meclisi’nin İstanbul’da toplanması sebebiyle söz konusu genel kongreden vazgeçildi. IV. Balıkesir Kongresi hazırlıklarının yapıldığı bir sırada Mustafa Kemal Paşa çektiği bir telgrafla bütün teşkilâtların Rumeli ve Anadolu Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti Hey’et-i Temsîliyyesi’ne bağlanması gerektiğini belirterek, ayrı bir kongre toplanmamasını istedi (Ekim 1919). Balıkesir Kongresi Merkez Kurulu Mustafa Kemal Paşa’nın telgrafına olumlu cevap verdiği gibi Akhisar delegesi İzmirli Edhem Bey’in Sivas’a dâimî temsilci olarak gönderilmesine de karar verdi.
Balıkesir Kongresi’nin en önemli icraatı, Kuvâ-yi Muhammediyye adını verdiği kuvvetleriyle bölgeyi millî kuvvetlerden temizleyeceğini iddia eden Anzavur ile mücadelesidir. Saltanatın hak ve hukukunu müdafaa iddiasıyla ortaya atılan Anzavur Biga, Gönen ve Manyas taraflarında köy ve kasabalara baskınlar yaparak halka korku salmış, kongrenin Yunan kuvvetleriyle mücadelesini frenlemişti. Balıkesir üzerine harekete geçen Anzavur, Susurluk yakınlarında bulunan Demirkapı köyünde mağlûp edildi (Kasım 1919).
Anzavur’un bu ilk ayaklanmasının bastırılmasından birkaç gün sonra, Balıkesir’de Kuvâ-yi Milliye’nin sesini bölgede ve yurtta duyurmak amacıyla İzmir’e Doğru adı ile bir gazete çıkarıldı. Mustafa Necâti, Vâsıf ve kardeşi Esad beylerin gayretleriyle gazete 16 Kasım 1919’dan itibaren yayın hayatına başladı ve Balıkesir kongrelerinin yayın organı olarak önemli hizmetler gördü.
Balıkesir Kongresi’nin büyük gayretleri sayesinde Batı Anadolu’da teşkilâtlanan Kuvâ-yi Milliye’nin taarruzlarından bunalan Yunanlılar, İngilizler’i araya sokarak belli bir hat üzerinde barış yapılmasını teklif ettiler. 19-21 Kasım’da Vehbi Bey başkanlığında toplanan IV. Balıkesir Kongresi, “Milne hattı” adı verilen ve Yunan işgalini devamlı kılmayı amaçlayan hat belirlenmesi teklifini reddetti. Sivas’ta kurulan Hey’et-i Temsîliyye ile ilişkilerin güçlendirilmesi ve bütün redd-i ilhak cemiyetlerinin adının Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti olarak değiştirilmesi kararı alan bu kongre, Milne hattı teşebbüsüne karşı tepkisini göstermek için 28 Kasım’da büyük bir miting düzenledi. On binlerce kişinin katıldığı mitingde işgal şiddetle kınandı ve İtilâf devletlerine uyarı telgrafları çekildi.
Düzenli Yunan ordusu ile mevziî mücadeleler yaparak onları yıpratan Kuvâ-yi Milliye’nin en büyük sıkıntısı silâh ve cephane idi. 1920 yılına girildiği günlerde bu sıkıntı had safhaya ulaştı. Osmanlı ordusuna ait silâh ve cephane depoları İtilâf devletlerinin kontrolü altında bulunuyordu. Balıkesir Kongresi, Gelibolu yarımadasında Fransızlar’ın kontrolü altındaki Akbaş cephaneliğine bir baskın düzenlemeyi kararlaştırdı. Köprülü Hamdi Bey’in yönettiği baskınla buradaki silâh ve cephaneler Anadolu yakasına taşındı (26/27 Ocak 1920). Olay Kuvâ-yi Milliye içinde de büyük heyecan yarattı ve Sivas’taki Hey’et-i Temsîliyye tarafından kutlandı. İngilizler cephanelerin geri verilmesini sağlamak amacıyla Bandırma’ya 200 kişilik bir birlik çıkardılar (1 Şubat 1920). Diğer bazı İtilâf devletleri gemileri de Bandırma Limanı’na demir attı. İngiliz çıkartması, Balıkesir’de bulunan Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti İzmir Kuzey Bölgesi Hey’et-i Merkeziyyesi tarafından şiddetle kınanarak her türlü devlet ve insan hukukuna aykırı bir tutum olarak değerlendirildi. Bu tepkiler üzerine İngilizler Bandırma’dan çekilmek zorunda kaldılar (11 Şubat 1920). Fakat bu sırada yeniden ayaklanan Anzavur’un eline geçmemesi için cephaneler bulundukları depoda imha edildi. Biga’yı ele geçiren Anzavur Bâbıâli tarafından Balıkesir valiliğine tayin edildi. Ancak Balıkesir’in, Kuvâ-yi Milliye’nin en güçlü olduğu yerlerden biri olması ve 61. Tümen kumandanı Kâzım Bey’in burada üstlenmiş bulunmasından dolayı Anzavur Balıkesir’e yürümeyi göze alamadı. Şubat ayı içinde Balıkesir’i ziyaret eden ve buradaki çalışmaları yakından gören Mehmed Âkif çok heyecanlanmış ve “Zafere giden yol bu yoldur” demekten kendini alamamıştır.
V. Balıkesir Kongresi İzmir Kuzey Bölgesi Kuvâ-yi Milliyesi Genel Kongresi adı altında, Karesi ve Saruhan livâlarıyla Bursa vilâyeti ve Bilecik sancağı merkez livâ ve bütün kaza ve nahiye delegelerinin iştirakiyle 10 Mart 1920’de toplandı. Kongrede Anadolu ve Rumeli Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti tüzüğü çerçevesinde Yunanlılar’a karşı alınacak tedbirler bütünüyle ele alındı. Kongre sürerken İtilâf devletlerinin İstanbul’u işgal ettikleri haberi duyuldu. Olay Balıkesir’de büyük bir tepki yarattı. Belediye alanında kalabalık bir miting düzenlendi. Kongre üyeleri mitingde işgali kınayan konuşmalar yaptılar ve Yunanlılar’a karşı mücadelenin kararlı biçimde devam ettirileceğini belirttiler. Kongrede, Balıkesir idarî yapısı içinde yer alsın almasın, bölge sınırları içinde bulunan askerî birliklerin 61. Tümen’e bağlanması öngörüldü ve bu durum bütün birliklere bildirildi. Rum ve Ermeniler’in Avrupa kamuoyunu yanıltmak amacıyla Türkler aleyhine uydurma haberler yaymaları da söz konusu edilerek bu haberleri tekzip edecek bir protesto metni hazırlandı.
Balıkesir Hey’et-i Merkeziyyesi, 3 Nisan 1920’de şehir halkının da fikrini öğrenmek ve faaliyetlerini buna göre düzenlemek üzere büyük bir toplantı düzenledi. Her mahalleden dörder temsilci ile şehir ileri gelenlerinden oluşan 103 kişinin katıldığı toplantıda Ankara’daki olağan üstü meclise delege seçimine ve Anzavur için gereken tedbirlerin alınmasına karar verildi. Halktan eli silâh tutanlar tesbit edilerek bunlarla şehrin emniyeti sağlandı.
İtilâf devletlerinin San Remo’da toplandıkları konferansta (18-27 Nisan 1920) İzmir işgalinin desteklenmesi yolunda alınan karar Yunanlılar’ı cesaretlendirdi. Güçlü bir askerî taarruza hazırlanan Yunanlılar İzmir’e asker yığmaya başladılar. Mayıs ayı küçük çaplı saldırılarla geçti. Ancak 22 Haziran 1920’de genel bir saldırıya başlayan Yunanlılar 30 Haziran’da Balıkesir’e girdiler. Balıkesir kongreleriyle teşkilâtlanan ve işgali reddeden bölge halkı, Balıkesir’in Yunan işgalinden kurtulduğu 6 Eylül 1922’ye kadar çete savaşlarıyla mücadelesini sürdürdü.